Pour le season final, soit l'épisode 520 intitulé "Enemy of The Gate", J. Mallozy annonce qu'il n'y aura pas de cliffhanger contrairement à ce qui circulait sur internet.
De plus, il ajoute que "Il y a environ un mois, alors qu'on ne savait pas ce qu'il allait advenir de la série, Rob Cooper est venu me voir avec l'idée de tourner le film directement après la saison cinq. Il se doutait que si la série n'était pas renouvelée, un film nous serait alors confié. Et si par miracle elle l'était, le "Film-SGA" (nom de code : Project Twilight) servirait alors de double épisode pour le début de la sixième saison.".
Même si la sixième saison n'a pas lieu, le feu vert est lancé par Sci FI pour le téléfilm. On pourra retrouver tout le cast de Stargate Atlantis, ainsi que quelques Guest-Stars. Il affirme aussi qu'il est confiant pour la suite car avec le succès des films de Stargate SG1, le film de Stargate Atlantis sera "le premier d'une longue, très longue série".
Ce n'est pas encore totalement la fin de la série...